HIV virüsünün bilinen iki tipi vardır: HIV-1 ve HIV-2. Kuzey Amerika ve Avrupa’da yaygın olan tip genellikle HIV olarak adlandırılırken Batı Afrika’da seropozitif asemptomatik bireylerden izole edilen yeni subtipe HIV-2 adı verilmiştir.

HIV-1 ve HIV-2 suşlarının birçok biyolojik karakterlerinin benzer olmasına karşın bazı farklılıkların olduğu saptanmıştır. Örneğin HIV-2 HIV-1′e göre seksüel ve vertikal yolla daha az bulaşma gözlenmektedir.

Ayrıca HIV-1 ve HIV-2 serolojik ve moleküler yapı olarak daha kolaylıkla ayrılabilmektedir.

HIV-1 ve HIV-2?nin genomunda iki önemli farklılık bulunmaktadır. HIV-1 de bulunan ?vpu geni? HIV-2 de bulunmamaktadır. Ayrıca HIV-2 de ilaveten HIV-1 de bulunmayan ?vpx geni? bulunmaktadır.